无论是内容寻找平台和渠道，还是平台增加新的表现形式与传播手段，融合的过程都充满坎坷。传统媒体、新媒体、渠道运营商三者由于背景不同、利益有别、观念差异而产生碰撞，以传统媒体为母体孵化的全新媒体也有各种先天问题亟待解决。体制障碍
“网站与报社分属两个系统，是兄弟部门关系，很难理顺。”
报纸转型亟需网络的时效、互动和多媒体形态，网站发展则渴望拥有报纸的内容和采编资源，然而，摆在报网融合面前的，有一道很难跨越的障碍—体制。
浙江在线管委会主任项宁一坦言，现在搞报网融合主要是体制障碍。“网站与报社分属两个系统，网站的干部不归报业集团管，是兄弟部门关系，很难理顺”。他说，“我们愿意融合，等待时机成熟”。
《浙江日报》2001年创办网站，2002年和浙江省外宣网、广电网重组，成为现在的浙江在线，三家均有股份，每年省里拨500万的资金。以前，报业集团不太看重网络时，新闻网站面临的竞争也少，浙江在线发展较快，访问量在第一梯队。2007年以来，报业越来越重视互联网，竞争压力增大，但是，浙江在线的收入仅占浙报集团的2%，不足以吸引集团对其加大投资力度。项宁一说：“网站与报纸一定要揉在一起，两个体系会很累。”比如，南方网现在回归南方报业集团，也是这个思路，这可能是个挡不住的趋势。浙江日报报业集团副总编辑、钱江报系总编辑冯卫民也表示，浙江在线是独立的，报业集团很难控制。
杭州日报报业集团也面临同样的问题。
与浙江在线类似，杭州网由杭州市委宣传部、杭报集团、杭州广电集团共同组建，要对三个“东家”负责，在报网融合上各方关系很难理顺。赵晴说：“过去发展新媒体，报纸与网分离。在一个集团内部，网站与其他媒体平行，谁也不能主导谁。”为了彻底从机制上保证报网深度融合，杭报集团以《杭州日报》为母体创办了杭州日报网，试图解决割裂带来的问题。
而杭报旗下的《都市快报》与19楼互动空间网络的关系仍然有些微妙。2006年，19楼网站从杭州网回归《都市快报》，成立都快网络传媒有限公司。《都市快报》很注重与19楼的互动，总编辑杨星认为，平面媒体的发展轨迹在衰退，几乎没有新的受众，网络媒体却吸引了大批年轻人。同时，新老媒体的互动打通了只上网、不看报和只看报、不上网的两类群体。而按市场规律运作的19楼网站则有意回避与《都市快报》的互动关系，双方搞活动要签协议，权益都要分清楚。19楼网站总经理林煜说，传统媒体与新媒体是天然竞争关系，当一窝蜂搞报网互动的时候，风险就出现了。
渠道强势
“光提内容为王不行，还要提终端为王。内容供应商很多，而终端是稀缺的。”
近年来，手机媒体的脱颖而出让报业看到了媒体融合的另一个方向，但是，一个不可控的因素却现实地限制了传统媒体旗下手机报的发展，“渠道为王” “终端为王”的背后，作为“内容工厂”的传统媒体多少有些无奈。
浙江在线和杭州网都是从2005年开始推出手机报业务。《浙江手机报》目前有70万用户，《杭州手机报》发行量最高时有50万用户，而中国移动公司自有的《新闻早晚报》在浙江省约有300万用户。
在用户推广方面，运营商掌握着主导权。杭州网总经理沈杰说，杭州有450万手机用户，可拓展的空间很大，他们希望搞活动推广，扩大手机报用户数量，但是移动公司内部有考评体系，要首先保证自有的手机报达到50%的市场份额，并不配合媒体的推广。媒体组织一些汽车试驾、看电影等活动，与手机报读者互动，另外在网站上做一些宣传、互动，但在增加用户数方面收效很有限。
媒体手机报的内容需要经过运营商旗下无线数据公司的审核，发送也集中到统一的平台上，手机媒体产业链的中下游
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